Organización territorial de El Salvador Y Centroamérica durante la colonia

Centroamérica prácticamente fue conquistada desde dos direcciones. Por el norte, desde Nueva España (México), Pedro de Alvarado, enviado por Hernán Cortés, efectuó la conquista de Chiapas, Soconusco, Guatemala, El Salvador y Honduras; y desde Panamá, Pedrarias Dávila envió varias expediciones dirigidas por Gil González Dávila y Hernández de Córdoba.

Durante la colonia el régimen administrativo sufrió numerosas modificaciones. Muchas veces los cronistas llamaron “provincias “ a las subdivisiones de una “provincia” por lo que el número de ellas varía constantemente.
En 1542 se creó la Audiencia de los Confines que incluía a Guatemala y Nicaragua. Antes de esa fecha Guatemala pertenecía a la nueva España. La Audiencia de los Confines tenía las siguientes provincias: Yucatán, Chiapas, Soconusco, Guatemala (a la que pertenecía San Salvador y Sonsonate), Honduras, Nicaragua y Costa Rica. Se le llamó Capitanía General de Guatemala.
En 1563 El Rey Felipe dundo II crea la Audiencia de Panamá a la que pasan Costa Rica y Nicaragua.
En 1568 se establece la Audiencia de Guatemala con Chiapas (Soconusco incluida en ella), Verapaz, Suchitepéquez, Escuintla, Chiquimula, Totonicapán, Sololá, Quetzaltenango, Chimaltenango, Sacatepequez, Sonsonate, San Salvador, Comayagua, León y Costa Rica. Yucatán, Tabasco y Cozumel pasaron al Reino de Nueva España.
En 1576, el oídor Diego García de Palacios señala 13 provincias principales y otras más pequeñas y de menor importancia. Entre los principales señala San Salvador, Los Izalco y San Miguel. En el siglo XVII Barberena señala que la Audiencia de Guatemala estaba compuesta de 32 provincias, 4 gobiernos, 9 alcaldías mayores, 18 corregimientos y el valle de Guatemala sede la Capitanía General. San Salvador y Sonsonate eran alcaldías mayores y constituían dos provincias de la Capitanía General de Guatemala.
En 1786 San Salvador fue elevado al rango de Intendencia junto con León, Ciudad Real de Chiapas y Comasagua. La lejana Costa Rica fue organizada como un gobierno dirigido desde la Capitanía General. De todos los que fueron elevados al rango de intendencias sólo San Salvador había pertenecido directamente a la capitanía general de Guatemala, las otras provincias elevadas a intendencias tenían ya un territorio considerable bajo su administración. San Salvador recibe este honor por la importancia que había adquirido como el productor de añil más importante del área.

La alcaldía mayor de Sonsonate se había convertido en el puerto más importante del pacífico y la mayoría de los productos que se exportaban desde las provincias de la intendencia de San Salvador, se hacían por él. Es por estas razones y por una larga enemistad con las autoridades y los comerciantes de la capitanía general de Guatemala que después de la Independencia, la alcaldía mayor de Sonsonate toma la decisión de adherirse al Estado de El Salvador. La alcaldía mayor comprendía los actuales departamentos de Sonsonate y Ahuachapán.